专项审计调查的事项主要有国家财经法律、法规、规章和政策的执行情况；行业经济活动情况；有关资金的筹集、分配和使用情况；本级人民政府交办、上级审计机关统一组织或者授权以及本级审计机关确定的其他事项。这些事项即可单独确定为专项审计调查项目，亦可结合项目审计，进行专项审计调查，但应纳入审计计划，实行计划管理。
按照审计计划，审计机关应根据专项审计调查事项的大小和工作难易程度及要求，指派能足够胜任该项工作的人员，组成调查组，确定调查组组长，实行组长负责制，明确责权。并由调查组组长负责拟定专项审计调查方案报请审计机关批准。在具体实施过程中，依据实际情况的发展变化，需要对专项审计调查方案进行调整，亦应在调整时补办报批程序和手续。专项审计调查方案涉及的主要内容包括调查的目标、范围、内容、程序、时间和人员分工等。
专项审计调查通知书应包括被调查单位名称；调查的依据、范围、内容和时间；需要被调查单位配合工作的具体要求；调查组组长及成员名单等内容。如果专项审计调查是结合项目审计开展的，可以在项目审计通知书中明确专项审计调查事宜。
实施专项审计调查的过程中，主要采取审计的方法取得被调查单位的有关材料，与项目审计一样，取得的证明材料应当客观、相关、充分和合法，足以证明被调查事项。取得的有关重要事项的证明材料，应当由提供者签名或者盖章予以核实和确认。不能取得提供者签名或者盖章的，审计调查人员应当注明原因。审计调查人员向被调查单位之外的有关单位和个人调查时，应当履行出示审计人员的工作证件和专项审计调查通知书副本的手续和程序。
专项审计调查报告应包括调查的范围、内容和起止时间；被调查事项的基本情况；发现存在的问题及原因分析；调查结论和改进建议以及其他需反映的情况和问题。如果专项审计调查是与项目审计结合进行的，还应当将审计报告中反映的有关情况与调查结果一并汇总，形成专项审计调查报告。
审计调查组向审计机关提交专项审计调查报告之前，应将报告征求被调查单位的意见，就报告中所列的问题和情况作进一步核实。审计机关要对审计调查组提交的专项审计调查报告进行认真审议，审定后上报。对本级人民政府交办的或审计机关自行安排的专项调查项目，应将调查结果报本级人民政府和上一级审计机关；对上级审计机关统一组织或者授权的专项审计调查项目，审计机关只将调查结果报告报上一级审计机关即可。
由于专项审计调查取得证明材料的方法主要是审计方法，在调查过程中，可能会发现被调查单位违反国家财经法规行为，对此，审计调查组应及时报告审计机关，审计机关应依法作出相应的处理处罚。对于属于本机关法定职权范围的，可直接进行处理处罚，但处理处罚要按照项目审计法定的审计程序进行，程序必须到位和合法。对不属本机关法定职权范围的，应向相关部门和单位进行移送，并取得移送的证明文书。
专项审计调查是审计机关的基本监督形式之一，要求将专项审计调查事项的全部相关材料建立档案进行管理。目前，有关项目审计的档案管理已建立了较完善的制度，专项审计调查事项的档案管理可参照执行。
