主营业务成本科目在审计中占有非常重要的地位，其核算是否正确、合规关系到其他许多报表项目的审计，如：存货、应付账款、应交税金、主营业务收入、所得税等科目。在审计实务中，因主营业务成本是根据销售数量×产品单价计算得出的，但是在实际计算主营业务成本时的单价是否准确，数量是否存在、完整都影响主营业务成本的准确性。而仅仅依靠编制生产成本与主营业务成本倒轧表、抽查部分原始凭证、复核主营业务成本计算表，不能满足审计目标的要求。因此，要想对主营业务成本科目取得较好的审计结果，对主营业务成本审计中的技术及技巧提出了较高的要求。
一、在实质性测试中运用检查程序时应注意相关成本事项是否实际发生
检查是指注册会计师对被审计单位内部或外部生成的，以纸质、电子或其他介质形式存在的记录和文件进行检查，或对资产进行实物审查。检查程序是实质性测试中经常要运用到的审计程序，其使用的效果直接影响到审计的效果。有时在对被审计单位的内部或外部生成的记录和文件进行检查时，发现所检查的记录和文件从形式上都是符合会计准则、税法的规定，但是相关业务的实质却是虚假的，所以在实质性测试中运用检查程序时，不能仅仅只看形式上合理、合法，更要注重相关业务实质是否发生、是否与被审计单位有关。
例1：某市区甲企业为外商投资企业，乙企业为内资企业，甲企业与乙企业为关联企业。甲企业所得税按查账征收，2009年企业处于“二免三减半”税收优惠期间；乙企业所得税按核定征收。在对甲企业2009年业务审计中，我们发现甲企业制造费用-电费明细科目中每个月都有2笔凭证记录，抽查凭证记录，发现每一笔凭证都附有电力公司开具的增值税专用发票，同企业询问此项业务，企业解释公司每月交纳2次电费，到此为止，按常规审计就可以确认甲企业的电费发生额，但是根据我们实务经验判断，公司与电力公司的业务通常每月只会开具一张增值税专用发票，我们又检查电力增值税专用发票的清单，在发票清单的左上角发现实际的用电地址，其中一张发票的用电地址是甲企业所在的位置，一张发票的用电地址是乙企业所在的位置。据此又向甲企业财务人员询问，最终甲企业财务人员解释原因为乙企业在向电力申请用审批时用的是甲企业名称，电力公司在开具发票时就只能开给甲企业。甲企业将属于乙企业使用的电费入账后，没有向乙企业开具电费分割发票，导致甲企业多确认成本、少确认相关税金。
目前大部分企业财务核算都采用财务软件，实现财务工作的信息化。面对财务核算工作的信息化趋势，越来越多的会计师事务所都采用审计软件，采用审计
软件可以根据审计目的进行排序、筛选、统计，这样有助于提高运用检查程序的效率和效果。
二、在实质性测试中将观察和询问程序与其他审计程序相结合
观察是审计人员察看被审计单位的经营场所、有形资产和相关人员正在从事的工作，以及对企业内部控制的执行情况等进行实地观察而取得审计证据的方法。
询问是审计人员以提问的方式向被审计单位内部或外部的有关人员获取书面或口头答复，取得审计证据。
实务中，如果被审计单位发生舞弊行为，一般都是被审计单位管理层发生舞弊，被审计单位的基层人员不会知道公司的舞弊行为。在进行存货监盘时，我们可以观察和向基层人员询问被审计单位仓库中原材料、自制半成品、库存商品、废料的库存数量、平均每月的进出货数量。在进行固定资产盘点时，我们可以对被审计单位的关键工序中的固定资产进行观察和询问，观察它的生产工艺、生产步骤、有无大量废料及边角料产生，询问它的最大生产能力、产能的利用程度、有无外发加工、每小时的产能及耗用电力的数量。将上述所得到的信息与其他审计程序所取得信息进行对比，有助于发现被审计单位有无虚假交易、有无隐瞒销售收入、多结转成本现象。
三、注重分析程序在实质性测试中的运用
分析程序，是指注册会计师通过分析不现财务数据之间以及财务数据与非财务数据之间的内在关系，对财务信息作出评价。分析程序还包括在必要时对识别出的，与其他相关信息不一致或与预期差异重大的波动或关系进行调查。
实质性分析程序是指用作实质性程序的分析程序，它与细节测试都可用于收集审计证据，以识别财务认定层次的重大错报风险。当使用分析程序比细节测试更有效地将认定层次的检查风险降至可接受的水平时，注册会计师可以考虑单独或结合细节测试，运用实质性分析程序。实质性分析程序不仅仅是细节测试的一补充，在某些审计领域，如果重大错报风险较低且审计证据之间存在预期关系，注册会计师可以单独使用实质性分析程序获取充分、适当的审计证据。
例2：甲企业是增值税一般纳税人，企业所得税查账征收，从事金属制品加工生产，在甲企业2009年度业务进行审计时，注意到甲企业2009年的销售规模达到1亿元，但是主营业务利润和利润总额都远低行业同期水平，我们初步判断主营业务收入和主营业务成本科目存在重大错报风险。
针对主营业务成本科目执行了下列程序：
①检查主营业务成本的内容和计算方法是否符合会计准则规定，前后期是否一致。
②复核主营业务成本明细表的正确性，编制生产成本与主营业务成本倒轧表，并与相关科目交叉索引。
③抽查12月份主营业务成本结转明细清单，比较计入主营业务成本的品种、规格、数量和主营业务收入的口径是否一致，是否符合配比原则。
上述审计程执行完成后，发现甲企业主营业务收入成本数量、规格配比，未发现跨期收入。此时，如果扩大细节测试范围，需要更多的审计资源。我们在对甲企业及其环境，发现甲企业的生产工艺和流程只是改变金属的形状、生产过程中原材料的损耗非常小，可以忽略不计，原材料与产成品之间在重量方面存在稳定的预期关系。在这种情况下我们认为运用分析程序比细节测试更有效地将认定层次的检查风险降至可接受的水平。 我们前面发现甲企业在销售环节的主营业务收入与主营业务成本的种、规格、数量是配比的，我们计划对生产领用环节（原材料-生产成本-库存商品）执行实质性分析程序。
我们对甲企业2009年所有生产入库产成品的重量进行折算（甲企业生产的产成品是以长度计量）计2,871,076.05 KG，2009年仓库领用材料3,120,992.50 KG，其中：对外销售材料103,975.00 KG,计算出2009年生产领用材料为3,017,017.5 KG，2009年生产领用数量3,017,017.5 KG与2009年生产入库数量2,871,076.05 KG，差异145,941.45 KG。我们向企业财务人员询问引起差异的原因，最后企业财务人员只能如实说明此差异原因为企业对外现金销售产品，未在账面上确认收入及计提相关税金。甲企业是在结转完工产品生产成本时利用不同单位标准（生产领用原材料使用的单位是KG，结转完工产品生产成本时，库存商品使用的单位是PCS）换算之间的关系，消化掉现金销售的产成品所领用的材料，导致主营业务收入与主营业务成本的品种、规格、数量在形式上的配比。
